製品はAcrobatをご利用でしょうか。もしくは、Acrobat.comのサービスをご利用でしょうか。
Acrobatであれば、AcrobatXIの場合の参考として、以下の公開文書をご案内させていただきます。
Adobe Acrobat Pro * スキャンした文書内のテキストの認識
テキスト認識の操作後も同事象が発生するかどうかをご確認いただければと存じます。
Acrobat.comのサービス（ExportPDF）をご利用の場合は、ブラウザのキャッシュクリアや、別ブラウザでの操作をお試しいただければと存じます。
Adobe Web アプリケーションでエラーや予期しない動作が発生する
Wordファイルへの変換はPDFファイル自体の精度（解像度）にも影響を受けますので、上記作業を行っても文字化けが発生することがございます。